无印良品成立后的头十年是一帆风顺的发展期，到了第十个年头出现了首次利润下降的状况，危机从2000年开始，到2001年进一步加大，经常利润减半，当期利润几乎成0，2001年上半期出现了第一次赤字。无印良品最根本的问题在于企业文化与母公司出现了严重矛盾。无印良品的产品很有性冷淡的气质。你要睡这样的床（床项目可行性研究报告），你都不好意思有性生活，觉得自己低俗，对不起床单。
首先无印良品是西友集团下属品牌，子公司除了无印良品，还有西友、西武、全家等，是一个非常大的企业集团。西友集团的老板非常感性，企业文化也很感性，旗下的西武百货公司最初只是日本三流的百货公司，但老板想要和沃尔玛那样把公司做到世界一流，便跑到欧洲，把欧洲所有的顶级品牌都搬到了西武百货，就这样西武百货公司一下从三流上升到一流。
而无印良品是需要用科学性来运作的一个公司，所有的产品的设计和运营的理念都需要科学性，这与母公司集团出现了冲突。而且无印良品强调的是连锁品牌，这与母集团强调单店经营的文化也是冲突的。