（1）工业化生产占比较小
金针菇主要分成农户金针菇（金针菇项目可行性研究报告）和工厂化金针菇，随着市场需求逐年提升，金针菇供应也亟待同步。近年来，国家对现代农业政策的出台，金针菇工厂化培植的企业数量不断增加。工厂化金针菇成为目前世界上工业化水平最高、技术最难、研究最多、竞争最激烈的品种之一。虽然我国金针菇工厂化产量高于其他菌种，但与国外工厂化比例超过90%相比较，我国工厂化金针菇占比不足40%，产量仍存在较大的发展空间。
（2）行业发展较为盲目，缺乏秩序
2010年以来，我国食用菌工厂化培植其中包括金针菇行业处于快速发展阶段，在高利润率的驱动以及国家与地方惠农政策的影响，大量资金进入金针菇工厂化培植领域，造成许多小企业的介入和各厂家加速扩张产能。然而，由于盲目地扩张和技术发展滞后，行业历经前几年的粗放式发展后，由于部分小规模企业在资金、技术环节遇到瓶颈，行业相继出现了厂家停业、关闭的情况。根据《2014年全国食用菌工厂化生产情况调研报告》，2014年关、停、并、转的食用菌工厂化企业共69家，同时工厂化企业数量相比2013年减少21家，企业数量出现了减少，行业开始整合，预计未来行业将逐步规范，并逐步走向成熟。
（3）金针菇产品开发处于初级阶段
目前，市场上的金针菇加工制品以腌制的金针菇产品为主，多数属于初加工的产品。金针菇的初加工产品还包括金针菇罐头、金针露、低糖金针菇脯、金针菇蜜饯、金针菇菌油、金针菇果冻等。金针菇具有很多的功能性成分，但相关产品的开发利用仍处于初级阶段，所以对金针菇产品进行深层次的开发，是现在食用菌研究领域的重要课题之一。