（1）渔业水域环境质量下降直接制约水产养殖业发展
近年来，随着经济发展和人口增加导致的陆源污染和养殖自身污染逐步加大，国内许多养殖海域理化因子严重超标，滥用药物和饲料添加剂的现象亟待解决。一方面，由于陆源污染物的排放，我国近岸部分海域受无机氮和活性磷酸盐污染，水体呈一定程度的富营养化，赤潮频繁发生；另一方面，由于养殖生产的高密度造成大量的氮流入水体中，养殖水域的二次污染亦十分严重。
（2）渔业企业行业集中度不高
在我国水产（水产项目可行性研究报告）养殖行业多是个体经营，较为分散，集约化、规模化经营少，调控难，品种结构调整带有一定盲目性和趋同性，容易一哄而起造成部分产品在一定区域内供过于求。过度分散的经营模式，也限制了养殖新品种的开发和高新养殖技术的导入。而对于从事水产品加工的企业来说，普遍存在规模小，生产设备老化，保鲜技术落后等问题，导致我国水产品加工业发展缓慢、结构单调，初级加工所占的比重过大。
（3）水产品流通体系建设滞后
我国水产品批发市场建设的滞后造成一些地方水产品流通渠道不畅，市场信息不灵，加剧了养殖品种结构调整的盲目性，易出现区域性、结构性的产品过剩、价格下降。主要表现为普通产品多、优质产品少，低档产品多、高档产品少，原始初级产品多、精深加工产品少。